Электронный архив НГУ

Программное обеспечение для моделирования ранних стадий некоторых биологических процессов

Показать сокращенную информацию

dc.contributor.author Казанцев, Максим Валерьевич ru_RU
dc.contributor.author Kazantsev, Maksim Valerievich en
dc.creator Алтайский государственный технический университет ru_RU
dc.creator Altai State Technical University en
dc.date.accessioned 2017-02-07T09:45:51Z
dc.date.available 2017-02-07T09:45:51Z
dc.date.issued 2016-09
dc.identifier.citation Казанцев М. В. Программное обеспечение для моделирования ранних стадий некоторых биологических процессов // Вестн. Новосиб. гос. ун-та. Серия: Информационные технологии. 2016. Т. 14, № 3. С. 25–33. ISSN 1818-7900. ru_RU
dc.identifier.citation Kazantsev M. V. Software for Modeling of Early Stages of Some Biological Processes // Vestnik NSU Series: Information Technologies. - 2016. - Volume 14, Issue No 3. - P. 25-33. - ISSN 1818-7900. (in Russian). en
dc.identifier.issn 1818-7900
dc.identifier.uri http://www.nsu.ru/xmlui/handle/nsu/11558
dc.description.abstract Описаны программные продукты, разработанные нами для моделирования различных биологических процессов, в том числе циклических генных сетей и регуляторных контуров механорецепторов плодовой мушки. Описаны математические модели исследуемых процессов и их реализация в виде программ. ru_RU
dc.description.abstract This article describes software products for modeling of some biological objects, such as cyclic gene networks and regulatory circuits of mechanoreceptors of fruit fly. We describe mathematical models of these processes and their software implementation. en
dc.language.iso ru ru_RU
dc.publisher Новосибирский государственный университет ru_RU
dc.subject генные сети ru_RU
dc.subject динамические системы ru_RU
dc.subject моделирование ru_RU
dc.subject программное обеспечение ru_RU
dc.subject системы дифференциальных уравнений с запаздыванием ru_RU
dc.subject gene networks en
dc.subject dynamical systems en
dc.subject modeling en
dc.subject software en
dc.subject delayed differential equations en
dc.title Программное обеспечение для моделирования ранних стадий некоторых биологических процессов ru_RU
dc.title.alternative Software for Modeling of Early Stages of Some Biological Processes en
dc.type Article ru_RU
dc.description.reference 1. Колчанов Н. А., Игнатьева Е. В., Подколодная О. А. и др. Генные сети // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2013. Т. 17, № 4/2. С. 833–850. 2. Лихошвай В. А., Голубятников В. П., Демиденко Г. В. и др. Теория генных сетей // Системная компьютерная биология. Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2008. С. 395–480. 3. Glass L., Pasternack J. S. Stable Oscillations in Mathematical Models of Biological Control Systems // J. Math. Biology. 1978. No. 6. P. 207–223. 4. Glass L. Combinatoral aspects of dynamics in biological systems // Statistical mechanics and statistical methods in theory and application. 1977. P. 585–611. 5. Колесов А. Ю., Розов Н. Х., Садовничий В. А. Периодические решения типа бегущих волн в кольцевых генных сетях // Изв. РАН. Серия математическая. 2016. Т. 80, № 3. С. 67–94. 6. Furman D. P., Bukharina T. A., Golubyatnikov V. P. A model study of the morphogenesis of Drosophila melanogaster mechanoreceptors: The central regulatory circuit // Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2015. Vol. 13. No. 1. 1540006 (15 pages). 7. Furman D. P., Bukharina T. A. How Drosophila melanogaster forms its mechanoreceptors // Curr Genomics. 2008. No. 8. P. 312––323. 8. Furman D. P., Bukharina T. A. Genetic control of macrochaetae development in Drosophila melanogaster // Russ. Journ. of Dev. Biol. 2008. No. 39. P. 195–206. 9. Акиньшин А. А. Пример использования языка R для решения задач биоинформатики // Журнал «Горизонты образования». 10-я Всероссийская научно-техническая конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Наука и молодежь». Барнаул, 2013. С. 6–8. 10. Казанцев М. В. Сравнение функций моделирования генных сетей // XXII Конференция серии «Математика. Компьютер. Образование». Тезисы. Пущино, 2015. С. 132. 11. Казанцев М. В., Акиньшин А. А., Голубятников В. П. Сравнительный анализ некоторых численных методов моделирования генных сетей с использованием языка R // Тр. междунар. конф. «Ломоносовские чтения на Алтае. Фундаментальные проблемы науки и образования». Барнаул, 2014. С. 548–554. 12. Казанцев М. В. Анализ некоторых методов моделирования генных сетей с использованием языка R // Тр. междунар. конф. «Математическое и компьютерное моделирование». Барнаул, . 2014. С. 8. 13. Gedeon T. Cyclic feedback systems // Memoirs of AMS. 1998. Vol. 134. No. 637. P. 72. 14. Golubyatnikov V. P., Golubyatnikov I. V. On periodic trajectories in odd-dimensional gene network models // Russian Journal of Numerical Analysis and Mathematical Modelling. 2011. Vol. 26. No. 4. P. 397–412. 15. Акиньшин А. А., Голубятников В. П., Голубятников И. В. О некоторых многомерных моделях функционирования генных сетей // Сибирский журнал индустриальной математики. 2013. Т. XVI, № 1 (53). С. 3–9. 16. Акиньшин А. А., Голубятников В. П. Циклы в симметричных динамических системах // Вестн. Новосиб. гос. ун-та. Серия: Математика, механика, информатика. 2012. Т. 12, № 2. С. 3–12. 17. Казанцев М. В., Голубятников В. П. Дискретные модели некоторых нелинейных динамических систем // XII Всерос. науч.-техн. конф. студентов, аспирантов и молодых ученых «Наука и молодежь 2015». Барнаул, 2015. С. 9–10. 18. Казанцев М. В. О некоторых свойствах графов доменов динамических систем // Сибирский журнал индустриальной математики. 2015. Т. 18, № 4 (64). С. 42–48. 19. Голубятников В. П., Казанцев М. В., Каленых А. Э. О дискретизации фазовых портретов некоторых динамических систем // Математика и ее приложения: фундаментальные проблемы науки и техники: Сб. тр. всерос. конф. Барнаул, 2015. С. 28–31. 20. Казанцев М. В. Некоторые свойства дискретных моделей циклических генных сетей // Ломоносовские чтения на Алтае: фундаментальные проблемы науки и образования: Сб. науч. ст. междунар. конф. Барнаул, 2015. С. 671. 21. Golubyatnikov V., Kazantsev M. On control of cycles in some gene networks models // International conference “Metric Structures and Control Systems”. Abstracts. Novosibirsk, 2015. P. 17–19. 22. Soetaert K., Petzoldt Th., Setzer R. Woodrow. Solving Differential Equations in R: Package deSolve // Journal of Statistical Software. 2010. Vol. 33. No. 9. P. 1–25. URL: http://www. jstatsoft.org/v33/i09. 23. Hindmarsh C. A. ODEPACK, A Systematized Collection of ODE Solvers // Scientific Computing. 1983. P. 55–64. 24. Petzold R. L. Automatic Selection of Methods for Solving Stiff and Nonstiff Systems of Ordinary Differential Equations // SIAM Journal on Scientific and Statistical Computing. 1983. No. 4. P. 136–148. ru_RU
dc.description.reference 1. Kolchanov N.A., Ignatieva E.V, Podkolodnaya O.A. et al. Gene networks // Vavilov journal of genetics and selection. 2013. T. 17, № 4/2. P. 833–850. 2. Likhoshvai V.A., Golubyatnikov V.P., Demidenko G.V. et al. Theory of gene networks // System computer biology. Novosibirsk: publ. SB RAS, 2008. P. 395–480. 3. Glass Leon, Pasternack Joel S. Stable Oscillations in Mathematical Models of Biological Control Systems // J. Math. Biology. 1978. no. 6. P. 207–223. 4. Glass Leon. Combinatoral aspects of dynamics in biological systems // Statistical mechanics and statistical methods in theory and application. 1977. P. 585–611. 5. A. Yu. Kolesov, N. Kh. Rozov, V. A. Sadovnichii. Periodic solutions of travelling-wave type in circular gene networks // Izvestiya: Mathematics, 2016, 80:3, 523–548. 6. Furman D.P., Bukharina T.A., Golubyatnikov V.P. A model study of the morphogenesis of Drosophila melanogaster mechanoreceptors: The central regulatory circuit // Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2015. vol. 13 no. 1. 1540006 (15 pages). 7. Furman D.P., Bukharina T.A. How Drosophila melanogaster forms its mechanoreceptors // Curr Genomics. 2008. no. 8. P. 312––323. 8. Furman D.P., Bukharina T.A. Genetic control of macrochaetae development in Drosophila melanogaster // Russ J Dev Biol. 2008. no. 39. P. 195–206. 9. Akinshin A.A. Example of using R language for bioinformatics problem solving // Education horizons: Information technologies. 2013. P. 6–8. 10. Kazantsev M.V. Comparison of gene networks modeling functions // XXII conference «Mathematics. Computer. Education». Abstracts. 2015. P. 132. 11. Kazantsev M.V., Akinshin A.A., Golubyatnikov V.P. Comparison of some numeric methods for gene networks modeling using R // «Lomonosov readings on Altai». Abstracts. Barnaul, AltSU. 2014. P. 548–554. 12. Kazantsev M.V. Analysis of some methods for gene networks modeling using R // Abstracts of international conference «Mathematical and computer modeling». 2014. P. 8. 13. Gedeon T. Cyclic feedback systems // Memoirs of AMS. 1998. Vol. 134, no. 637. P. 72. 14. [14] Golubyatnikov V.P., Golubyatnikov I.V. On periodic trajectories in odd-dimensional gene network models // Russian Journal of Numerical Analysis and Mathematical Modelling. 2011. Vol. 26, no. 4. P. 397–412. 15. Akinshin A.A., Golubyatnikov V.P., Golubyatnikov I.V. On some multi-dimensional models of gene networks functioning // Sib. Journ. Ind. Math. 2013. Т. XVI, № 1 (53). P. 3–9. 16. Akinshin A.A., Golubyatnikov V.P. Loops in symmetrical dynamical systems // NSU Herald: Math-mech-inf. 2012. Т. 12, № 2. P. 3–12. 17. Kazantsev M.V., Golubyatnikov V.P. Discrete models of some non-linear dynamical systems // XII conference «Science and Youth 2015»: Information technologies. 2015. P. 9–10. 18. Kazantsev M.V. On some properties of domain graphs of dynamical systems // Sib. Journ. Ind. Math. 2015. Т. XVIII, № 4 (64). P. 42–48. 19. Golubyatnikov V.P., Kazantsev M.V., Kalenykh A.E. On discretion of phase portraits of some dynamical systems // Mathematics and application: fundamental problems of science of technics. 2015. P. 28–31. 20. Kazantsev M.V. On some properties of discrete models of cyclic gene networks // Lomonosov readings on Altai: abstracts. 2015. P. 671. 21. Golubyatnikov V., Kazantsev M. On control of cycles in some gene networks models // International conference “Metric Structures and Control Systems”. Abstracts. 2015. P. 17–19. 22. Soetaert Karline, Petzoldt Thomas, Setzer R. Woodrow. Solving Differential Equations in R: Package deSolve // Journal of Statistical Software. 2010. Vol. 33, no. 9. P. 1–25. http: //www.jstatsoft.org/v33/i09. 23. Hindmarsh C. Alan. ODEPACK, A Systematized Collection of ODE Solvers // Scientific Computing. 1983. P. 55–64. 24. Petzold R. Linda. Automatic Selection of Methods for Solving Stiff and Nonstiff Systems of Ordinary Differential Equations // SIAM Journal on Scientific and Statistical Computing. 1983. no. 4. P. 136–148. en
dc.subject.udc 004.942
dc.relation.ispartofvolume 14
dc.relation.ispartofnumber 3
dc.relation.ispartofpages 25-33


Файлы в этом документе

Данный элемент включен в следующие коллекции

Показать сокращенную информацию