The fluorometric approach was shown to be applied to the parallel analysis of physico-chemical characteristics of the complex formation between oligonucleotides and DNA. We have studied an opportunity of modified oligonucleotide probes containing the LNA unit (Locked Nucleic Acid) to discriminate a single mismatch in duplexes with DNA templates. The thermodynamic parameters of the formation of perfect and imperfect DNA complexes between native probes and their modified analogs were evaluated using the standard amplificator with the real-time signal detection algorithm (вариант: with the function of the real-time signal detection). The values of the limit selectivity of the probe hybridization were calculated upon discrimination of the purine / purine mismatch A / A. The LNA-containing probes were proved to have the enhanced hybridization selectivity as compared to native ones (by factors of 1.4 to 5.9 at 65 С). Modified probes containing the LNA unit just opposite the nucleotide substitution in an analyzed DNA were shown to discriminate a single nucleotide mismatch with a maximum extent.
Продемонстрирована применимость флуорометрического подхода к параллельному анализу физико-химических характеристик комплексообразования олигонуклеотидов с ДНК. Проведено исследование способности модифицированных олигонуклеотидных зондов, несущих LNA-звено (Locked Nucleic Acids), дискриминировать одиночный мисматч в составе дуплекса с ДНК-матрицей. С использованием стандартного амплификатора с функцией детекции сигнала в режиме реального времени определены термодинамические параметры формирования совершенных и несовершенных комплексов ДНК, образованных нативными зондами и их модифицированными аналогами. Рассчитаны величины предельной селективности гибридизации зондов при дискриминации пурин / пуринового мисматча A/A. Доказано, что LNA-содержащие зонды, по сравнению с нативными, обладают повышенной селективностью гибридизации (от 1,4 до 5,9 раза при 65 С). Наибольшей способностью дискриминировать однонуклеотидное несоответствие обладают модифицированные зонды, LNA-звено в составе которых при формировании дуплекса располагается непосредственно напротив нуклеотидной замены в анализируемой ДНК.
