In the present research we designed novel fluorescent probes based on 5'-monopyrene derivatives of oligo(2'-O-methylribonucleotides) and tandems of 5'- and 3'-monopyrene derivatives of oligo(2'-O-methylribonucleotides) targeting to the fragment of methylenetetrahydrofolatereductase (MTHFR) gene containing C677T polymorphism. The effect of probes length, structure of linkers connecting pyrene residue with oligonucleotide part and the presence of thymidine attached at the 3'-termini by a 3'-3'-phosphodiester internucleotide bond on fluorescent properties of probes and their duplexes with DNA targets was studied. The fluorescent properties of proposed probes were shown to be sensitive to the mononucleotide substitution in DNA target. The developed probes were demonstrated to be utilized for the detection of polymorphism C677T in MTHFR gene by the method of thermal duplex denaturation with fluorescence change registration.
Впервые созданы флуоресцентные зонды на основе 5'-монопиренильных производных олиго(2'-О-метил-рибонуклеотидов), а также тандемов 5'- и 3'- онопиренильных производных олиго(2'-О-метилрибонуклеотидов) к участку гена метилентетрагидрофолатредуктазы (MTHFR), содержащему полиморфизм С677Т. Проведено сравнительное исследование флуоресцентных свойств зондов и их дуплексов с ДНК-мишенями в зависимости от длины олигонуклеотидной части, структуры линкеров, соединяющих остаток пирена и олигонуклеотид, а также наличия 3'-концевой модификации, а именно 3' – «инвертированного» тимидина. Методом термической денатурации с детекцией по изменению флуоресценции продемонстрирована перспективность использования предложенных зондов для определения полиморфизма С677Т в гене MTHFR.
