Фундаментальное образование международного уровня в НГУ обеспечивают четыре института и шесть факультетов, а также Высший колледж информатики и Специализированный учебно-научный центр (Физико-математическая школа). Все они тесно связаны между собой: университет делает ставку на междисциплинарность, взаимодействие факультетов и их взаиморазвитие.