Подготовка специалистов по археологии ведется с начала 1960‑х гг. на базе сначала кафедры истории (1962–1971 гг.), затем кафедры всеобщей истории (1971–1992 гг.), с 1992 г. – на кафедре археологии и этнографии.
У истоков преподавания археологии на гуманитарном факультете НГУ стоял основатель сибирской археологической школы академик А. П. Окладников. Именно он начал формировать штат преподавателей по археологии. В 1962 г. он пригласил из Читы канд. ист. наук М. И. Рижского, выпускника Московского государственного университета, специалиста по античной истории. В 1963–1965 гг. к работе на гуманитарном факультете были привлечены археолог, исследователь Урала и Сибири Е. М. Берс, канд. ист. наук Р. С. Васильевский, аспирант А. П. Деревянко. Для чтения специальных курсов приглашались ученые из других городов страны. Перед студентами факультета выступали выдающиеся антропологи и археологи М. М. Герасимов и Г. Ф. Дебец, крупнейшие советские этнографы С. А. Токарев и И. С. Гурвич. Усилиями А. П. Окладникова в 1960‑е гг. начала формироваться известная ныне сибирская археологическая школа, в рамках которой впоследствии сложились несколько авторских направлений-школ, охватывающих различные проблемы археологии широчайшего хронологического, тематического и географического диапазона.
Научная школа академика Алексея Павловича Окладникова объединила исследователей истории, археологии и этнографии Сибири, Дальнего Востока, Средней и Центральной Азии, учеников и соратников Алексея Павловича. Отличительной особенностью школы являлся комплексный подход к археологическим, этнографическим и историческим источникам, широкомасштабные научные экспедиции на огромной территории от восточного побережья Каспия до северо-западной окраины Америки, позволившие воссоздать древнейшие страницы истории Северной и Центральной Азии.
Ученики А. П. Окладникова, продолжавшие развивать данное направление на кафедре и создавшие впоследствии собственные научные школы или направления: академики А. П. Деревянко и В. И. Молодин, д‑ра ист. наук Р. С. Васильевский, В. Е. Ларичев, Ю. С. Худяков. К данной научной школе так же относятся научные сотрудники Института археологии и этнографии СО РАН д‑ра ист. наук В. Е. Медведев и Е. И. Деревянко, канд. ист. наук А. К. Конопацкий.
Научная школа академика Анатолия Пантелеевича Деревянко сформировалась на базе широкой интеграции археологии с естественнонаучными и точными дисциплинами, что привело к разработке инновационных исследовательских технологий и появлению новых фундаментальных знаний о развитии человеческих обществ и эволюции природной среды, в которой проходило формирование древних культур. Особое внимание уделяется исследованию начальных этапов освоения человеком Азии, становлению и развитию палеолитических культурных традиций. Данный подход реализуют в своей научно-преподавательской работе следующие преподаватели кафедры: член-корреспонденты РАН А. И. Кривошапкин и М. В. Шуньков, д‑ра ист. наук К. А. Колобова и Л. В. Лбова. Среди выпускников гуманитарного факультета последователями научной школы являются д‑ра ист. наук А. А. Анойкин, П. В. Волков, А. Н. Зенин, Е. П. Рыбин.
Научная школа академика Вячеслава Ивановича Молодина акцентирует внимание на междисциплинарных реконструкциях культурных и этногенетических процессов в эпохи палеометалла и средневековья, изучении первобытного искусства и древних технологий. В рамках данной научной школы ведут свою деятельность на кафедре д‑р ист. наук Л. Н. Мыльникова и канд. ист. наук Л. В. Зоткина. Развивают идеи научной школы выпускники гуманитарного факультета член-корреспондент РАН Н. В. Полосьмак, кандидаты ист. наук Е. С. Богданов, А. Е. Гришин, М. А. Кудинова, М. С. Нестерова, А. О. Пронин, Д. В. Селин, А. Н. Чистякова.
Зарубежная археология – Археология Китая, Японии, Кореи, Монголии, тихоокеанского бассейна. Основателями данного направления выступили д‑ра ист. наук Руслан Сергеевич Васильевский и Виталий Епифанович Ларичев. Специалистами по зарубежной археологии являются преподаватели кафедры археологии и этнографии д‑р ист. наук А. В. Табарев, канд. ист. наук С. В. Алкин, преподаватели кафедры востоковедения кандидаты ист. наук С. А. Комиссаров и А. В. Варенов, а также выпускники гуманитарного факультета – сотрудники Института археологии и этнографии СО РАН кандидаты ист. наук И. С. Гнездилова и А. Л. Нестеркина.
Средневековая археология и историческое оружиеведение кочевых народов Евразии акцентированы на изучение функциональных свойств предметов древнего и средневекового вооружения с помощью методов естественных наук, на историческую реконструкцию комплексов вооружения и одежды номадов Южной Сибири и Центральной Азии.
Основатель школы – д‑р ист. наук Юлий Сергеевич Худяков. Преемниками и последователями данной школы на кафедре являются д‑р ист. наук Л. А. Бобров, кандидаты ист. наук С. Г. Скобелев и А. Ю. Борисенко.
К научному руководству выпускными квалификационными работами по археологии в разные годы периодически привлекались выпускники гуманитарного факультета, сотрудники Института археологии и этнографии СО РАН: член-корреспондент РАН Н. В. Полосьмак, д‑р ист. наук Е. П. Рыбин, кандидаты ист. наук И. Ю. Слюсаренко, А. Е. Гришин, С. В. Шнайдер, А. М. Хаценович.