Гуманитарный институт активно сотрудничает с ведущими российскими и зарубежными научными центрами, благодаря чему студенты проходят производственные практики в архивах и музеях, в археологических экспедициях от Сахалина до Кавказа, приобретают навыки и опыт работы в научных коллективах.
Среди партнеров НГУ — Институт археологии и этнографии СО РАН, Центр коллективного пользования СО РАН «Геохронология кайнозоя», Институт истории СО РАН, Институт монголоведения, буддологии и тибетологии СО РАН, Институт российской истории РАН, Российский государственный архив древних актов, Музей антропологии и этнографии им. Петра Великого, Институт Дальнего Востока РАН, Национальный университет им. Мирзо Улугбека, Институт истории Академии наук Республики Узбекистан, Институт истории и этнологии имени Ч. Ч. Валиханова, Евразийский национальный университет им. Л. Н. Гумилева, Университет Вены, Евразийско-Тихоокеанская университетская сеть (Eurasia Pacific Uninet), Российско-испанский университетский центр Университета Кадиса, Университет Тохоку, Университет Цукуба, Синьцзянский университет, Китайский университет Гонконга, Институт археологии Академии общественных наук КНР, Национальный музей Кореи и пр.
