Кафедра основана 15 сентября 1961 г. в результате разделения кафедры алгебры и геометрии на кафедру алгебры и математической логики и кафедру геометрии и топологии.
Кафедрой заведовали академик АН Казахской ССР А.Д. Тайманов (1961-1968), академик АН СССР А.Д. Александров (1968-1980), проф., д.ф.-м.н. Ю.Ф. Борисов (1980-1992), проф., д.ф.-м.н. В.И. Кузьминов (1992-1999), проф., д.ф.-м.н. В.А. Шарафутдинов (1999-2005). С 2005 г. кафедрой заведует академик РАН И.А. Тайманов.
Среди выпускников кафедры — 15 докторов физико-математических наук.
