Становление в НГУ гуманитарного образования и подготовки специалистов в области гуманитарных наук началось с создания в 1962 г. гуманитарного факультета. Его появление обеспечило достраивание первоначальной естественнонаучной конструкции НГУ до оптимальной модели классического университета.
Как и университет в целом, факультет создавался на основе принципов, предполагавших максимальную интеграцию науки и образования. Вследствие этого основными партнерами факультета, поставлявшими кадры преподавателей и научных руководителей, стали гуманитарные подразделения СО АН СССР (с 1991 г. – РАН): с 1962 г. – отдел гуманитарных исследований Института экономики и организации промышленного производства, с 1966 г. – Институт истории, филологии и философии, с 1990 г. – Институт истории, Институт археологии и этнографии и Институт филологии.
На факультете сразу сформировалось три основных научных и образовательных направления гуманитарного профиля: история и археология; языки и фольклор народов Сибири; сравнительно-историческое языкознание и русистика. Первое направление возглавил Алексей Павлович Окладников – крупнейший археолог и историк, ставший член-корреспондентом и академиком АН СССР и воспитавший десятки талантливых учеников, составивших ядро сибирской археологической научной школы. Во главе второго направления стоял член-корреспондент АН СССР Валентин Александрович Аврорин – один из авторитетнейших исследователей языков и фольклора Сибири, он стал первым деканом гуманитарного факультета. Сравнительно-историческое языкознание и русистику курировал крупный ученый-лингвист, профессор Кирилл Алексеевич Тимофеев – специалист по теории русского синтаксиса, старославянской и древнегреческой грамматике, санскриту и словообразованию. С середины 1960‑х гг. сформировались и другие направления – литературоведение, археография, этнография, которые вскоре завоевали авторитет в отечественной и мировой науке. До середины 1970‑х гг. на факультете велась подготовка студентов по специальности «Математическая лингвистика» под руководством сотрудника Института математики СО АН СССР, д‑ра физ.‑мат. наук Алексея Всеволодовича Гладкого.
Первое десятилетие становление гуманитарного факультета позволило создать и отработать ту конструкцию гуманитарного образования, которая впоследствии, с некоторыми модификациями, составила основу его развития и способствовала формированию новых научно-образовательных направлений. В 1970 г. началось обучение восточным языкам – китайскому и японскому, в 1995 г. открылась специализированная подготовка студентов по журналистике и востоковедению, в 1997 г. – по английской филологии, в 2011 г. – по фундаментальной и прикладной лингвистике.
Динамичное развитие сложившихся на гуманитарном факультете научно-образовательных направлений сопровождалось поисками оптимального администрирования образовательного процесса, реорганизацией внутрифакультетской кафедральной структуры и значительным увеличением численности студентов с середины 1990‑х гг. Это привело к выделению из факультета двух новых факультетов – факультета иностранных языков в 1999 г. и факультета журналистики в 2001 г. В марте 2016 г. произошло объединение указанных выше факультетов в одно структурное подразделение – Гуманитарный институт.