Проект «Вычислительная платформа для филогенетического анализа соматической эволюции» («Computational platform for phylogenetic analysis of somatic evolution») под руководством выпускника Механико-математического факультета НГУ, заведующего лабораторией анализа биологических данных Университета Отаго (Новая Зеландия), доктора математических наук Александра Гаврюшкина получил поддержку фонда Endeavour. Работу фонда координирует Министерство бизнеса Новой Зеландии. Максимальный размер гранта в разделе Smart Ideas (финансирование проекта обусловлено большим потенциалом к созданию прогрессивной и рискованной технологии с существенным экономическим влиянием) — 1 000 000 новозеландских долларов. Именно такую сумму получили на развитие проекта Александр Гаврюшкин и его команда.
Endeavour Fund — это один из самых больших научных фондов в Новой Зеландии. Максимальный размер гранта в разделе Research Programmes фактически не ограничен. Фонд нацелен на финансирование прорывных идей, в том числе и в фундаментальной науке, с большим потенциалом оказать значительное влияние на экономику страны в будущем.
— На данный момент мы создали proof of concept — математическую модель и ее компьютерную реализацию для реконструкции соматической эволюции раковых клеток. Предварительные результаты показывают, что наш метод имеет хороший потенциал для создания приложения, способного помогать онкологам точнее определять стадию рака, время и место инициализации заболевания, историю появления и развития метастаз, их количество. Это проект с большим риском и большим потенциалом — в точности такой, какие MBIE Endeavour Smart Ideas хотят финансировать. В рамках этого проекта мы сможем быстро проверить наши идеи на их жизнеспособность, — отметил
Александр Гаврюшкин.
В настоящее время филогенетика (область биологической систематики, которая занимается выявлением и прояснением эволюционных взаимоотношений видов жизни на Земле) предоставляет информацию, особенно важную в области эволюции, экологии, инфектологии и т. д. Новые технологии секвенирования расширяют сферу современной филогенетики, включая в перечень дисциплин биологию развития, соматические мутации, исследования онкологии с применением в сельском хозяйстве, биотехнологии и биомедицине. Проект «Computational platform for phylogenetic analysis of somatic evolution» позволит создать вычислительную платформу, необходимую для обеспечения точного и широко применимого анализа молекулярных данных. Новые математические модели позволят более подробно исследовать динамику развития онкологических заболеваний. Для этого будут применены современные алгоритмические решения, например, онлайн-алгоритмы для анализа молекулярных данных.
Лаборатория анализа биологических данных Университета Отаго работает на стыке математики, компьютерных науки и геномики, занимается разработкой математических методов и алгоритмов для анализа молекулярных данных. Этот и более ранние гранты направлены на финансирование совместных исследований специалистов в области онкологии из университетов Отаго, Окленда и Австралийского национального университета.
— Перспективы, как и у любого фундаментального исследования, очень сложно предсказать. Как я сказал, это проект с большим риском, но если все, что мы планируем, удастся, то выгоды, в частности для онкологии, будут огромными. Что можно сейчас сказать точно — люди верят в нас, похоже, больше, чем мы сами в себя. Когда я представлял проект перед тем, как подать его в Министерство бизнеса, нами интересовались инвесторы, которые сейчас рассматривают потенциал проекта с коммерческой точки зрения. Для меня же лично это совершенно потрясающая возможность проверить чрезвычайно смелую идею и разобраться немного лучше в том, какие математические и алгоритмические проблемы возникают при попытках ответа на фундаментальные биологические вопросы, которые в современном мире невозможны без анализа огромных массивов молекулярной даты, — рассказал
Александр Гаврюшкин. Исследователь отметил, что сейчас он и его коллеги находятся в активном поиске молодых ученых — аспирантов, кандидатов наук — способных и готовых работать в лаборатории над междисциплинарными проектами.
В 2017 году исследователь
уже получал грант по программе Rutherford Discovery Fellowship от Королевского общества Новой Зеландии на создание лаборатории вычислительной биологии в Университете Отаго.
