16 июля 1961 года решением Ученого Совета Новосибирского государственного университета физико-математический факультет был разделен на два: физический и механико-математический. С этого момента начинается история физфака НГУ как самостоятельного факультета.
Первыми лекторами и создателями идеологии курса физики были будущие академики Г.И. Будкер и Б.В. Чириков. Вместе с ними основу работы факультета заложили выдающиеся ученые, академики АН СССР В.В. Воеводский, М.А. Лаврентьев, С.С. Христианович. Именно в первые годы становления физического факультета были заложены основные элементы технологии преподавания физики – лабораторные практикумы, лекционные демонстрации, месячные задания, промежуточные потоковые контрольные, «бригады» преподавателей по различным курсам и практикумам во главе с лектором и «бригадиром». . Все эти годы существования факультета ведется традиционная работа по совершенствованию учебных планов и программ, по модернизации практикумов, по организации подготовки и выпуска методических пособий. Кроме того, широко внедряются мультимедийные курсы и информационные технологии.
Огромный вклад в его становление и развитие внесли в последующие годы академики АН СССР и РАН С.Т. Беляев, В.В. Струминский, С.С. Кутателадзе, Р.З. Сагдеев, Ю.Е. Нестерихин, Н.Н. Яненко, А.В. Ржанов, Д.Д. Рютов, А.А. Галеев, В.Е. Захаров, Б.В. Чириков, Ю.Н. Молин, В.Е. Накоряков, С.Н. Багаев, Э.П. Кругляков, Н.С. Диканский, а также члены-корреспонденты РАН и профессора Ю.Б. Румер, В.М. Галицкий, Г.И. Димов,И.Н. Мешков, Р.И. Солоухин, В.А. Сидоров и др. Следует сказать, с первых лет становления факультета здесь активно работали приехавшие в Академгородок молодые ученые и преподаватели: Е.И. Биченков, А.А. Бузуков, И.Ф. Гинзбург, В.Л. Истомин, В.К. Кедринский, Г.Л. Коткин, Л.А. Лукьянчиков, Г.В. Меледин, В. В. Митрофанов, А.Б. Попов, М.Е. Топчиян, М.С. Рывкин, В.Г. Сербо и др. В 2014 году к 55-летию Новосибирского государственного университета была выпущена книга Профессора НГУ. Физический факультет. Персональный состав. 1961–2014 гг. В рамках празднования 60-летия физического факультета НГУ были проведены мероприятия по открытию мемориальных именных аудиторий.
За все время существования физического факультета преподавательский состав факультета в значительной степени формируется из сотрудников институтов СО РАН, что обеспечивает непосредственный контакт студентов с передовой современной наукой.
С начала существования факультета его возглавляли:
1961 год – Солоухин Рем Иванович;
1962 год – Сагдеев Роальд Зиннурович;
1962 – 1968 годы – Байер Владимир Николаевич;
1968 – 1972 годы – Титов Владимир Михайлович;
1972 – 1975 годы – Соколов Вениамин Сергеевич;
1975 – 1978 годы – Барков Лев Митрофанович;
1978 – 1983 годы – Раутиан Сергей Глебович;
1983 – 1993 годы – Диканский Николай Сергеевич;
1993 – 1998 годы – Фадин Виктор Сергеевич;
1998 – 2001 годы – Котельников Игорь Александрович;
2001 – 2010 годы – Аржанников Андрей Васильевич;
2010 – 2020 годы – Бондарь Александр Евгеньевич;
2020 - настоящее время - Блинов Владимир Евгеньевич.
Более подробно с историей физического факультета можно ознакомиться на сайте Музея истории НГУ.