Факультет ориентирован на подготовку научных и инженерных кадров в широком спектре физических специальностей. На факультете имеются два отделения: общефизическое и физической информатики. Подготовку студентов осуществляют 15 выпускающих кафедр и 3 кафедры общепрофессионального обучения. В последнее время открыты три новых кафедры: кафедра квантовой электроники, кафедра биомедицинской физики, кафедра физических методов исследования твердого тела.
На факультете двухуровневая система подготовки специалистов. Первый уровень обучения рассчитан на 4 года. В конце 4-го курса студенты защищают квалификационные работы. Им присваивается академическая степень бакалавра и выдаются дипломы о высшем образовании. Примерно 80 % выпускников-бакалавров продолжают обучение в магистратуре по программе второго уровня. Магистратура предназначена для подготовки физиков-исследователей, ориентированных преимущественно на работу в фундаментальной науке. В магистратуру принимаются также выпускники других университетов. После двух лет обучения в магистратуре студенты защищают магистерскую диссертацию, им присваивается академическая степень магистра. Также студенты ФФ имеют возможность пройти обучение в магистратуре ведущих зарубежных университетов.
Цикл физических дисциплин: механика и теория относительности; введение в технику физический эксперимент; электричество и магнетизм; электродинамика и оптика; молекулярная физика; аналитическая механика; квантовая механика, методы математической физики; физика твердого тела; квантовая физика; статистическая физика; физика сплошных сред; физические основы микроэлектроники; физические основы информатики; общая теория относительности; теория фазовых переходов; физика и химия атомов и молекул. По всем вышеперечисленным дисциплинам читаются курсы лекций, проводятся семинарские занятия, практические занятия в терминальных классах с применением программ моделирования физических процессов. Лекционные курсы сопровождаются лабораторными практикумами по методам измерений, молекулярной физике, электромагнетизму, физической оптике, атомной физике и спектроскопии. Практикумы оснащены современными, главным образом цифровыми, измерительными приборами. Для регистрации результатов и их обработки широко используются персональные компьютеры и современное прикладное программное обеспечение. Каждый семестровый практикум завершается выполнением курсовой работы, представляющей собой небольшое самостоятельное исследование. Дополнительные возможности для научной работы студентов дает лаборатория физического эксперимента. Здесь студенты выполняют курсовые работы, занимаются факультативными исследованиями, проверяют свои экспериментальные и технические идеи.
Цикл общих математических дисциплин: математический анализ; линейная алгебра и аналитическая геометрия; дифференциальная геометрия и тензорный анализ; теория вероятностей и математическая статистика; основы функционального анализа и теории функций; дифференциальные уравнения и дискретная математика.
Цикл дисциплин по информатике и автоматизации для студентов физического отделения включает введение в информационные технологии, основы программирования (на языке С++), практикумы по компьютерному моделированию физических процессов, техническим средствам автоматизации научных исследований (ТСАНИ), курс лекций и практикум по радиоэлектронике, а также ряд факультативных дисциплин для студентов старших курсов. Студенты, обучающиеся на отделении физической информатики, изучают несколько десятков дисциплин по информатике, микроэлектронике и компьютерной технике за счет некоторого сокращения учебного времени, отводимого для изучения цикла физических дисциплин. Основные физические курсы для студентов обоих отделений сопровождаются дополнительными занятиями в компьютерном практикуме, а часть работ в лабораторных практикумах компьютеризирована.
Цикл гуманитарных и социально-экономических дисциплин: психология, история России, история культуры, философия, политические науки, экономические теории, бизнес-курс, авторское и патентное право, иностранные языки, музыкальные стили.
Цикл специальных дисциплин, предоставляемых выпускающими кафедрами, включает около 200 спецкурсов. Это больше, чем в любом другом университете России.
Общее физическое и математическое образование студенты получают в течение первых трёх лет обучения на первом уровне. К окончанию 2-го курса все студенты распределяются по выпускающим кафедрам, осуществляющим обучение специальным дисциплинам. Выпускающие кафедры находятся в базовых институтах СО РАН, где студенты проходят научно-исследовательскую и дипломную практику.
К 4-му курсу каждому студенту назначается индивидуальный научный руководитель из числа научных сотрудников базовых институтов. Большой объём практической работы, выполняемый студентами на выпускающих кафедрах в базовых институтах СО РАН, является особенностью системы обучения на физическом факультете НГУ.
Параллельно студенты ведут активную научную работу в институтах, либо научно-инженерную работу в наукоемких компаниях, которые базируются в Технопарке Новосибирского Академгородка. Особенность обучения в магистратуре ФФ НГУ – большая свобода выбора изучаемых предметов. Каждый студент составляет свой индивидуальный план из числа альтернативных лекционных курсов общефизического цикла. Специальные курсы, как правило, обязательны. Однако, по согласованию с кафедрой, студент может выбирать в пределах установленного минимального набора курсов, также дисциплины других кафедр и даже других факультетов. Выбор учебных курсов определяется тематикой будущей работы и согласуется с научным руководителем. Кроме того, магистрант проходит не менее двух гуманитарных курсов и, в обязательном порядке, английский язык и философию.
К моменту защиты квалификационной работы бакалавра студенты получают полный объём университетского образования. Два года обучения в магистратуре посвящены в основном освоению навыков самостоятельной научно-исследовательской работы. К окончанию бакалавриата некоторые студенты уже имеют опубликованные научные статьи, а для выпускников магистратуры наличие как минимум одной опубликованной работы является обязательным условием, дающим право на защиту магистерской диссертации.
Магистерская подготовка дает выпускникам факультета хорошие стартовые возможности для карьеры в фундаментальной и прикладной науке, в высокотехнологичном производстве, а также в промышленном и финансовом бизнесе. Кроме того, выпускники могут продолжить обучение в аспирантуре Физического факультета НГУ или базовых институтов.